زعفران بویژه بعد از آسیاب شدن باید دور از نور و رطوبت و در جام شیشه‌ای نگهداری شود.زیرا با توجه به این که اسانس (مواد معطر) زعفران قابل تبخیر شدن است در صورت نگه داری نامناسب، به مرور زمان اسانس آن تبخیر شده و از اثرات دارویی و طعم و مزهٔ آن کاسته می‌شود و مرغوبیت آن از دست می‌رود.
بازار مشهد و فروش زعفران
چون زعفران بسیار گران قیمت می‌باشد، از قدیم سوداگران حقه باز در آن دستکاری می‌کردند و مجازات تقلب در زعفران گاهی حکم اعدام داشته‌است. مهم ترین تقلبی که به عنوان زعفران صورت می‌گیرد گل رنگ می‌باشد که شباهتی به زعفران دارد و می‌تواند ایجاد رنگ زرد کند.گاهی برای اضافه شدن وزن به آن روغن یا آب نبات و عسل اسپری می‌کنند. بهترین نوع زعفران زعفرانی است که به آن دختر پیچ می‌گویند یعنی صد درصد طبیعی است و سر ریشه دست نخورده‌است مانند رشته‌ای نخ قرمز است که پایین آن سفید و نیمه بالای آن قرمز است.
مضرات
چون زعفران بر روی سیستم تولید مثل اثر دارد بنابراین زنان حامله باید از خوردن آن احتراز کنند زیرا ممکن است باعث سقط جنین شود. خوردن زیاد زعفران برای کلیه‌ها مضر است. اشتها را کم می‌کند و ایجاد سردرد می‌کند و باعث اختلال حواس می‌شود. زعفران را باید در شیشه‌های دربسته و دور از نور نگهداری کرد زیرا عطر و رنگ خود را در اثر نور از دست می‌دهد