گنابادمعمولاٌ 2 تا 3 هفته بعد از آبیاری اول بسته به درجه حرارت هوا و وضعیت آب و هوا گل های زعفران ظاهر می شوند. در هوای نسبتاٌ سرد در زیر سایه درختان گلها زودتر آشكار می شوند و در هوای گرم گلها دیرتر بیرون می آیند. هر قدر آبیاری اول دیرتر انجام شود در صورت سردی هوا گلها دیرتر ظاهر می شوند.
زمان ظهور گلها در مناطق زعفران خیز خراسان بسته به منطقه آزاد از اواخر مهر ماه تا اواخر آبان ماه می باشد.
برداشت گل بهتر است در ساعات اولیه بامداد انجام گیرد چون جمع آوری گل به صورت غنچه آسانتر بوده و صدمه مكانیكی به گل در حین جابجایی كاهش می یابد.
زمان برداشت محصول زعفران در خراسان از اواخر مهر ماه تا اوایل آذر ماه نسبت به موقعیت اقلیمی و زمان اولین آبیاری متغیر است و برداشت گل زعفران بایستی قبل از طلوع آفتاب و در اولین ساعات بامداد صورت پذیرد. پس از براشت گل نوبت به جابجایی گل زعفرامن میرسد كه بهتر است جابجایی گل زعفران به گونه ای باشدكه از صدمه مكانیكی و آلودگی آن جلوگیری شود. از انباشتگی بیش از اندازه و فشرده شدن گل در هنگام جابجایی باید جلوگیری شود و پس از حمل تا زمان جداسازی، گل در محل سرد و تمیز و دور و آفتاب نگهداری شود.مرحله اصلی جداسازی زعفران از گل است كه پس از انتقال گل از مزرعه بلافاصله بایستی جهت باز نمودن غنچه های گل زعفران و جدا كردن كلاله زعفران از گل اقدام نمود. تسریع در انجاك این عمل در حفظ كیفیت زعفران بسیار موثر است.
برای انجام جداسازی كلاله روشهای مختلفی وجود دارد شامل:
پس از شكافتن گل، كلاله 3 شاخه راهمراه با تمام خامه از گل جدا نموده و سپس خشك می كنند. محصول زعفران در این روش زعفران در اصطلاح كشاورزان دسته نامیده می شود.
در صورتی كه پس از جداكردن كلاله و خامه از گل، كلاله را از محل اتصال به خامه جدا نموده و سپس خشك نمایند، به محصول كلاله خشك شده در اصطلاح كشاورزان، زعفران سرگـل گـفته می شود.
و اگر كلاله 3 شاخه همراه با بخشی از خامه جدا شده را خشك نمایند زعفران حاصله پوشال نامیده می شود. مهم ترین مرحله روش خشك كردن زعفران است كه دركیفیت زعفران بسیار مهم میباشد گناباد زعفران توصیه مینماید كه زعفران تازه برای نگهداری طولانی تر بایستی خشك گردد. نحوه خشك كردن زعفران در حفظ كیفیت و مرغوبیت آن نقش بسزایی دارد.
خشك كردن زعفران به روشهای مختلفی انجام می پذیرد شامل:

1- روش سنتی:
پس از جدا كردن كلاله و خامه از گل، زعفرانها را به صورت ردیفی بر روی پاچه و كاغذ پهن كرده و در اتاقكی در سایه قرارمی دهند تا خشك شوند. معایب این شیوه دراین است كه زمان خشك كردن بسیلر طولانی است و میكروارگانیسمها براحتی می توانند در آن رشد و تكثیر نمایند.
2- روش اسپانیایی كه در ایران در حال جایگزینی با روش سنتی می باشد:
در این روش كلاله و خامه جداشده را در الك هایی با قطر 30 سانتیمتر كه دارای توری از جنس ابریشم است ریخته و به ضخامت كم در حدود 2 تا 3 سانتیمتر پهن نموده و با استفاده از منبع حرارتی ( هیتر ) بطور دقیق و یكنواخت خشك می نمایند. زمان خشكانیدن بسیار كوتاه و امكان آلودگی و رشد میكرارگانیسمها بسیار كم می باشد